簡要描述：BD Rhapsody 單細(xì)胞分析系統(tǒng),RNA轉(zhuǎn)錄組分析：
捕獲并分離細(xì)胞，通過磁珠對細(xì)胞和mRNA轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行分類
分子標(biāo)簽可以克服PCR偏差
可以定制靶向組合（panel）
提供數(shù)據(jù)分析工具

產(chǎn)品英文名：BD Rhapsody^TM Single-Cell Analysis System

產(chǎn)品中文名：BD Rhapsody^TM 單細(xì)胞分析系統(tǒng)

應(yīng)用：單細(xì)胞的RNA-seq測序，基因表達(dá)分析。Onco-BC 靶向檢測，免疫反應(yīng)檢測，T-細(xì)胞靶向檢測。

優(yōu)勢：同時分析數(shù)千個細(xì)胞，每個細(xì)胞提取獨立數(shù)據(jù)，體現(xiàn)異質(zhì)性。

品牌產(chǎn)地：美國BD

BD Rhapsody^TM 單細(xì)胞分析系統(tǒng)及更多BD產(chǎn)品由華雅再生醫(yī)學(xué)旗艦公司：紅榮微再（上海）生物工程技術(shù)有限公司 代理。紅榮微再以“傳遞科學(xué)價值，服務(wù)科學(xué)研究”為宗旨，主營干細(xì)胞、精準(zhǔn)醫(yī)療、細(xì)胞治療、器官再生四大板塊的產(chǎn)品。

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BD Rhapsody^TM 單細(xì)胞分析系統(tǒng)

數(shù)千個單細(xì)胞數(shù)百個基因的平行分析

單細(xì)胞 RNAseq 正在改變我們對細(xì)胞的理解。BDRhapsody™單細(xì)胞分析系統(tǒng)基于 BD 在細(xì)胞生物學(xué)領(lǐng)域 40年的專業(yè)技術(shù)，滿足您的實驗需求，在單細(xì)胞水平理解細(xì)胞形態(tài)和功能。

這種全新的分析系統(tǒng)克服了傳統(tǒng)檢測的局限性，例如微陣列和大量細(xì)胞 RNAseq，這些檢測通過實現(xiàn)對各個細(xì)胞之間的微妙差異的觀察，依賴于對多個細(xì)胞的平均檢測。用戶可以鑒定和表征新型和罕見細(xì)胞類型，其進(jìn)一步幫助理解從免疫學(xué)到腫瘤學(xué)等多個領(lǐng)域內(nèi)的生物學(xué)過程。

BD Rhapsody 單細(xì)胞分析系統(tǒng)能夠?qū)Τ汕先f個單細(xì)胞的數(shù)百個表達(dá)基因進(jìn)行數(shù)字定量，提供足夠靈活的定制測定法以滿足任何實驗需要，其有效系統(tǒng)可縮短實驗時間和降低測序成本。

系統(tǒng)組件包括：

□ BD Rhapsody 掃描儀

□ BD Rhapsody 上樣臺

□ BD Rhapsody 卡式芯片

□ 分子標(biāo)簽試劑和文庫制備

□ 特定應(yīng)用的靶向檢測試劑盒（panel）

BD Rhapsody 單細(xì)胞分析系統(tǒng)工作原理

下圖顯示了該系統(tǒng)如何實現(xiàn)對數(shù)百個基因的基因表達(dá)水平進(jìn)行數(shù)字化定量。其采用新的平面陣列微孔用于細(xì)胞捕獲并進(jìn)行基于微球的 3'RNAseq 測定。

開始 - 細(xì)胞捕獲和分離步驟

BD Rhapsody 卡式芯片可以在磁性的寡核苷酸條形碼標(biāo)記微球上實現(xiàn)單細(xì)胞捕獲和 mRNA 轉(zhuǎn)錄子的分子標(biāo)簽。然后將這些微球合并到單個管中用于 cDNA 擴(kuò)增和文庫構(gòu)建。

1.在微孔中，一個細(xì)胞與一個條碼標(biāo)記微球匹配

2.裂解細(xì)胞將 mRNA與微球上條碼標(biāo)記的捕獲寡核苷酸雜交

3. 微球回收

4. cDNA 合成

5. 測序和構(gòu)建單細(xì)胞基因表達(dá)譜

克服 PCR 偏差 – BD 分子標(biāo)簽

當(dāng)對序列讀取進(jìn)行計數(shù)時，PCR 擴(kuò)增偏差可導(dǎo)致基因定量不準(zhǔn)確。BD 的分子標(biāo)簽技術(shù)為單個細(xì)胞的單個基因分配了*的分子索引，也稱為“分子條形碼”。實驗者可借此克服擴(kuò)增偏差，更準(zhǔn)確地計算轉(zhuǎn)錄水平。

為您的實驗定制工作流程

對于不同用戶和實驗，單細(xì)胞實驗工作流程往往需要不同程度的樣本操作、質(zhì)量和通量。BD 儀器選項可以根據(jù)具體需求進(jìn)行配置。BD FACS 分選機(jī)（如 BD FACSMelody™）是 BD Rhapsody 系統(tǒng)上游樣本富集的良好選擇。BD Rhapsody掃描儀提供自動化細(xì)胞計數(shù)和細(xì)胞樣本活性測試，幫助用戶制備適用于卡式芯片單細(xì)胞捕獲的*濃度的樣本。掃描儀提供了卡式芯片上微球捕獲細(xì)胞的計數(shù)。BD Rhapsody 上樣臺輕巧便攜，可在實驗室內(nèi)輕松移動。同樣還提供生物信息學(xué)途徑和可視化工具。這些工具包括 UMI 分析算法和可視化工具，即使沒有經(jīng)驗的用戶也可分析和理解單細(xì)胞數(shù)據(jù)。

圖. 實例：BD Rhapsody 工作流程，包括細(xì)胞分離（FACS 可選），細(xì)胞捕獲和分子標(biāo)簽、測序和數(shù)據(jù)分析。

1. 樣本

2. 通過 BD Rhapsody 進(jìn)行單細(xì)胞

3. 在 Illumina 平臺上進(jìn)行測序

4. BD 基因組數(shù)據(jù)分析

更有效的測序可以更低的成本實現(xiàn)更高的通量

由于與高通量實驗方法相關(guān)的測序成本，單細(xì)胞實驗往往非常昂貴。BD Rhapsody 單細(xì)胞分析系統(tǒng)設(shè)計有多個功能，可以更有效地利用測序來降低實驗成本。

靶向測定 - 由于檢測靈敏度的提高，特定的基因組合方法可使用少量的時間和成本，幫助產(chǎn)生類似于全轉(zhuǎn)錄組分析（Whole Transcriptome Analysis，WTA）測定的結(jié)果。這種方法還提高了 UMI 計數(shù)效率，從而極大程度的節(jié)省了實驗時間和成本。

儲存 - 從樣本中得到的完整 cDNA 可在磁性微球上穩(wěn)定存儲，允許將珍貴樣本保存長達(dá) 16 周。這可使用戶在時間允許的情況下靈活地對樣本進(jìn)行測序，并通過對儲存的微球池進(jìn)行等分或分樣來實現(xiàn)同一樣本的多個測定。

分樣—在磁性微球上儲存的 cDNA A 可以分成一個或多個等分試樣，并使用定制或預(yù)先設(shè)計的組合（panel）進(jìn)行擴(kuò)增。通過提供對部分樣本進(jìn)行測序的選項和對樣本不同組合（panel）進(jìn)行測試的靈活性，分樣可降低成本。

評估 BD Rhapsody 的性能

為了確定 BD Rhapsody 單細(xì)胞分析系統(tǒng)的技術(shù)性能，將人 293T 和小鼠 NIH / 3T3 細(xì)胞的 1：1 混合物以不同濃度上樣到 BD Rhapsody 卡式芯片上。儲存的 cDNA 分子普遍擴(kuò)增并進(jìn)行低通量測序（每個細(xì)胞約8,700 個讀數(shù)）。在測序數(shù)據(jù)中檢測到 1,109 個細(xì)胞的上樣條件下，每個細(xì)胞中，來自每個細(xì)胞的平均 99.4％的分子經(jīng)檢測僅為人或小鼠，這表明微孔之間的串?dāng)_非常小。在測序數(shù)據(jù)中檢測到 1，000 個或更少細(xì)胞的上樣密度下，多重態(tài)發(fā)生率接近零，并且在 15，000 個細(xì)胞下小于 5％。

圖：使用 BD Rhapsody 的微孔之間的zui小串?dāng)_和低多重態(tài)率

使單細(xì)胞測序效率更高

靶向方法對單細(xì)胞分析的益處通過使用競爭產(chǎn)品的WTA 測定和 BD Rhapsody 免疫反應(yīng)組合（panel）（人）在相似的測序深度下對外周血單核細(xì)胞（PBMC）進(jìn)行表達(dá)譜分析來證明。雖然兩種測定方法的 t-SNE 表達(dá)譜分析都顯示了已知 PMBC 細(xì)胞類型的聚類結(jié)果，靶向組合（panel）顯示了比 WTA 更高的靈敏度（讀數(shù)/細(xì)胞）和 UMI 計數(shù)效率。BD Rhapsody 測定實現(xiàn)了與競品 WTA 測定類似的聚類性能，而測序讀數(shù)降低了近 10 倍（靶向讀數(shù) 2k vs. WTA 讀數(shù) 20k）。與使用 WTA 方法不同，靶向組合（panel）避免了對多個高表達(dá)基因的測序如核糖體蛋白或低表達(dá)變異性，從而提高測定效率。

混合微球的測試儲存（參見下圖），從含有稀少轉(zhuǎn)移性乳腺癌細(xì)胞的淋巴結(jié)所得的 1，000 個細(xì)胞的兩個分樣使用BD Rhapsody Onco-BC 靶向組合（panel）進(jìn)行分析。在 4℃下保存微球，在 0、6 和 12 周對樣本進(jìn)行測定。在分樣之間基因表達(dá)具有很強(qiáng)的相關(guān)性，表明儲存 cDNA 具有極小的批次效應(yīng)和較高的穩(wěn)定性。

主要應(yīng)用的靶向基因檢測試劑盒（panel）

靶向方法有助于提高單細(xì)胞測序效率，并推動對當(dāng)今一些挑戰(zhàn)性的科學(xué)領(lǐng)域的進(jìn)一步探索。我們經(jīng)驗證的檢測試劑盒（panel）顯示穩(wěn)定且可重現(xiàn)的細(xì)胞異質(zhì)性陣列，可用于探索與眾多應(yīng)用相關(guān)的細(xì)胞類型。BD Rhapsody 系統(tǒng)包括以下檢測試劑盒（panel）：

● BD Rhapsody Onco-BC 靶向檢測試劑盒（panel） – 與乳腺癌和免疫細(xì)胞相關(guān)的 400 個基因

● BD Rhapsody 免疫反應(yīng)檢測試劑盒（panel） – 免疫細(xì)胞類型譜分析

● BD Rhapsody T-細(xì)胞靶向檢測試劑盒（panel）

● BD Rhapsody 補(bǔ)充檢測試劑盒（panel）

● BD Rhapsody 自定義檢測試劑盒（panel）

高級軟件和可視化功能增加您結(jié)果的靈活性

BD Rhapsody 系統(tǒng)還提供生物信息學(xué)途徑和可視化工具。這些工具包括 UMI 分析算法和可視化工具，即使沒有經(jīng)驗的用戶也能夠分析和理解單細(xì)胞數(shù)據(jù)。

1. 序列發(fā)生器輸出.fastq 文件

• 多路分用 讀數(shù)；調(diào)準(zhǔn)讀數(shù)
• 計算每個細(xì)胞每個基因的*分子標(biāo)識符（UMI）
• 執(zhí)行 UMI 調(diào)整算法
• 進(jìn)行細(xì)胞標(biāo)記篩選
• 單細(xì)胞表達(dá)譜

BD Rhapsody 系統(tǒng)數(shù)據(jù)集可從 www.xxxxx。。ｃｏｍ 下載

實例數(shù)據(jù)集：

◎ 來自健康捐贈者的 PMBC 的單細(xì)胞譜分析

◎ T 細(xì)胞表型分析

◎ 乳腺癌腫瘤活檢的單細(xì)胞譜分析

單細(xì)胞研究的完整端到端系統(tǒng)

BD Rhapsody 單細(xì)胞分析系統(tǒng)通過完整的工具系統(tǒng)（包括試劑和分析軟件）來加強(qiáng)和簡化您的研究，這些工具可以協(xié)同工作，以滿足您*的單細(xì)胞實驗需求。我們將使您直接通過樣本獲取結(jié)果，同時使用實驗成本和復(fù)雜性顯著降低的測定方法節(jié)省時間和成本，改善數(shù)據(jù)和提高測序效率。40 年來，BD 一直是單細(xì)胞生物學(xué)領(lǐng)域值得信賴的合作伙伴。您可以依靠我們來幫助您拓展單細(xì)胞分析的新領(lǐng)域。

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